Questa associazione fa la sua apparizione fin dai primi numeri della serie. La Fratellanza Ombra è formata da esseri umani il cui corpo è posseduto da anime aliene che passano da contenitori biologici simili alle uova di Alien ai corpi umani, dei quali prendono completamente possesso "cancellando" l'anima originale di quel corpo. Durante gli albi si scopre che in realtà queste anime aliene sono le essenze vitali di uomini del futuro, gli Ultra Sapiens (esseri umani più evoluti degli attuali esseri umani e che hanno la particolarità di avere sei dita per mano: il dito in più è un altro pollice opponibile cresciuto di fianco al mignolo): questi esseri umani abitavano una città spaziale che devono abbandonare a causa della formazione di un'anomalia spazio-temporale proprio all'interno del generatore della città stessa: unica speranza, trasfondere le essenze dentro dei contenitori che vanno ad assemblare una astronave biologica, inviata verso la Terra. L'anomalia spazio-temporale la proietta però nel passato, all'epoca di Nathan Never. Lo scopo della Fratellanza Ombra è quello di mescolarsi agli esseri umani ma una fazione della fratellanza Ombra preferirebbe dominare gli esseri umani "normali": questo scatena una lotta intestina che si risolverà a favore della fazione "buona". Spesso antagonista di Nathan Never nel corso di numerosi albi viene infine aiutata da quest'ultimo e nel n. 99 Ann, la figlia di Nathan, guarisce grazie all'aiuto di Gabriel e insieme a lui parte per lo spazio con la fratellanza.