In linea di massima secondo me va bene. farei solo un paio di modifiche, che forse ti faciliteranno il lavoro.
1)ok
2)ok
3)ok
4)ok
5)Queste le inserirei nei rispettivi gruppi, visto che ci sono già anche gli speciali.
La numerazione, la farei per categoria,(con sempre tre cifre, tipo 001, 025, 142, ecc); mi sembra così più ordinato e forse per te anche più facile. Magari, volendo fare le cose di fino, per speciali, roof, ecc, si potrebbe adottare una numerazione tipo EM, cioè S001, S015 e così via) e per i gruppi qualcosa tipo DP001, DP010 (dove DP=double pack).
Ricapitolando:
Normali 001
Speciali, megaspeciali, roof, ecc... S001
Gruppi DP001
Se vuoi, tu mi mandi l'elenco delle opere da catalogare, ed io le divido per categoria e le numero. Decidiamo quale potrebbe l'ordine: tipo per ordine alfabetico Autore/personaggio, o altro che vi viene in mente.
Per i personaggi doppi, sono d'accordo con te. Solo non li chiamerei esclusi, mi sembra bruttino, meglio varianti o doppioni
Per i nuovi doppi seconde me, proprio perchè arrivati dopo, li metterei fra i doppioni, altrimenti, tutte le volte bisogna fare un sondaggio...